本門寺は日蓮上人の亡くなった地に立つ寺として知られる。病に冒された日蓮上人は甲斐の身延山から常陸へと湯治に行く途中で、池上に立ち寄り、遂に病癒えることなく亡くなったという。時に弘安5(1282)年のことである。当時、池上一帯を治めていた池上衛門大夫宗仲の屋敷で亡くなったと言われているが、池上宗仲は日蓮のために７万坪とも言われた邸をもって寺院の建立を決心し、日蓮の直弟子である日朗を池上の地に招く。ここに、全国に200ヵ寺とも言われる末寺を抱える日蓮宗大本山の歴史が始まりを告げる。
もっとも、大本山としての形式を整えたのは、寛永の頃とのこと。境内に加藤清正室の層塔、前田利家室の層塔があることから分かるように、有数の大名の信仰を集めた寺である。
残念ながら、戦災によって伽藍の多くを焼失してしまったが、経堂は戦火を免れた他、数々の建造物も往時のままに復元されかつての威容をそのままに伝えている。