明治維新で廃仏毀釈が行われるまで日本の神社とお寺は一体だった。という訳で、薬師寺にも鎮守として神社がある。実は、明治の廃仏毀釈以降で寺院が神社を管理するという形態が残っているというのは非常に数少ない。

寛平年間(889-897)に薬師寺別当の栄紹法師が僧形八幡神、神功皇后、仲津姫命を勧請したのが始まり。

社殿は重要文化財で、1603(慶長8)年に豊臣秀頼によって瑞垣門、楼門、中門とともに建立された。残念ながら社殿以外は後の地震で倒壊してしまって見ることが出来ない。

本殿は三間社流造で本殿の両脇に脇殿が繋がっている。脇殿には十九明神が祀られている。また、南北に細長い建物は座小屋という宮座の座衆が座る場所。この座小屋が三間社流造とともに残っている例は少ないという。