陰陽師安倍晴明が正暦年間(990-994)に境内に住み研究に勤しんだという。
織田氏と朝倉氏との戦いの折りに敦賀は戦火に焼かれるも清明神社の周囲は延焼を免れたことで防火の神として信仰をも集める。