中世までは多摩郡村山郷の一部であり村山村の中に含まれていた.しかし,箱根宿ができた影響を受けて人口が増えたため,1668[寛文8]年に村山村から分村.
殿ヶ谷という地名は,瀧田谷津・尾引谷,北条氏照に仕えた村山土佐守義光の館があったことに由来.
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