| 藩主 | 官位・通称 | 出自 |
| - | 五島純玄 Sumiharu | 従五位下 大和守 | 宇久氏19代当主宇久純尭の長男。室は松浦鎮信養女（西郷純尚女）。文禄の役出陣中に天然痘にて死去。初めて五島を名乗る。 |
| 初代 | 五島玄雅 Harumasa | 従五位下 淡路守 | 五島純玄の祖父・宇久純定の三男・五島純玄の叔父。大浜を名乗っていたが本家を相続し五島を名乗る。関が原の戦い以後、徳川家康により福江藩主として認められる。 |
| 2代 | 五島盛利 Moritoshi | 従五位下 淡路守 | 五島玄雅の従兄弟・宇久盛長の長男。 |
| 3代 | 五島盛次 Moritsugu | - | 五島盛利の長男。病弱であったために、弟の五島盛清が執政を司る。 |
| 4代 | 五島盛勝 Morikatsu | 従五位下 淡路守 | 五島盛次の長男。家督相続時幼少だったため、幕命により五島盛清が後見人となる。五島盛清は3000石を分与され富江領主、交代寄合となる。1660(万治3)年に盛勝が16歳となると盛清は藩政から手を引いた。 |
| 5代 | 五島盛暢 Morinobu | 従五位下 佐渡守 | 五島盛勝の二男 |
| 6代 | 五島盛佳 Moriyoshi | 従五位下 大和守 | 五島盛暢の長男 |
| 7代 | 五島盛道 Morimichi | 従五位下 淡路守 | 五島盛佳の長男 |
| 8代 | 五島盛運 Moriyuki | 従五位下 大和守 | 五島盛道の五男 |
| 9代 | 五島盛繁 Morishige | 従五位下 大和守 | 五島盛運の三男 |
| 10代 | 五島盛成 Moriakira | 従五位下 大和守 | 五島盛繁の長男 |
| 11代 | 五島盛徳 Morinori | 従五位下 飛騨守 | 五島盛成の三男 |
