| 代数 | 当主・藩主 | 備考 |
| 1 | 藤井松平利長 | 松平宗家5代当主・松平長親の五男.三河国碧海藤井に藤井城を築城. |
| 2 | 藤井松平信一 | 下総国布川領主[1590-;5000石]→常陸土浦藩主[1600-1604] |
| 2 | 藤井松平信吉 | 櫻井松平忠吉の子. 常陸土浦藩主→上野高崎藩主→丹波篠山藩主 |
| 3 | 藤井松平忠国 | 丹波篠山藩主→播磨明石藩主 |
| 4 | 藤井松平信之 | 播磨明石藩主→大和郡山藩主→下総古河藩主 |
| 5 | 藤井松平忠之 | 下総古河藩主.乱心し改易. |
| 6 | 藤井松平信通 | 松平信之より分知:大和興留藩主→備中国庭瀬藩主→出羽国上山藩主[1697-1722] |
| 7 | 藤井松平長恒 | 出羽国上山藩主[1722-1732] |
| 8 | 藤井松平信将 | 出羽国上山藩主[1732-1761] |
| 9 | 藤井松平信亨 | 出羽国上山藩主[1761-1790] |
| 10 | 藤井松平信古 | 出羽国上山藩主[1790-1795] |
| 11 | 藤井松平信愛 | 出羽国上山藩主[1796-1805] |
| 12 | 藤井松平信行 | 出羽国上山藩主[1805-1831] |
| 13 | 藤井松平信宝 | 出羽国上山藩主[1831-1862] |
| 15 | 藤井松平信庸 | 出羽国上山藩主[1862-1868] |
| 16 | 藤井松平信安 | 出羽国上山藩主[1868-1871] 廃藩置県. |
| 17 | 藤井松平信元 | |
| 18 | 藤井松平信和 |
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