| 代数 | 当主・藩主 | 備考 |
| 1 | 能見松平光親 | |
| 2 | 能見松平重親 | |
| 3 | 能見松平重吉 | |
| 4 | 能見松平重勝 | 越後国三条藩主[1612-1616]→下総国関宿藩主[1617-1619]→遠江国横須賀藩[1619-1620] |
| 5 | 能見松平重忠 | 遠江国横須賀藩主[1621-1622]→出羽国上山藩主[1622-1626] |
| 6 | 能見松平重直 | 出羽国上山藩主[1626]→摂津国三田藩主[1626-1643]→豊前国竜王藩主[1632-1639]→豊後高田藩主[1639-1643] |
| 7 | 能見松平英親 | 豊後国高田藩主[1643-1645]→豊後杵築藩主[1645-1692] |
| 8 | 能見松平重栄 | 豊後杵築藩主[1692-1708] |
| 9 | 能見松平重休 | 豊後杵築藩主[1708-1715] |
| 10 | 能見松平親純 | 豊後杵築藩主[1715-1739] |
| 11 | 能見松平親盈 | 豊後杵築藩主[1739-1767] |
| 12 | 能見松平親貞 | 豊後杵築藩主[1767-1785] |
| 13 | 能見松平親賢 | 豊後杵築藩主[1785-1802] |
| 14 | 能見松平親明 | 豊後杵築藩主[1802-1825] |
| 15 | 能見松平親良 | 豊後杵築藩主[1825-1868] |
| 16 | 能見松平親貴 | 豊後杵築藩主[1868-1871] 廃藩置県 |
| 17 | 能見松平親信 | |
| 18 | 能見松平親義 | |
| 19 | 能見松平親房 |
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