| 代数 | 当主・藩主 | 備考 |
| 1 | 井伊直勝 | 井伊直政の長男.彦根藩は弟・井伊直孝が承継. ※近江国佐和山藩主[1602-1606]→藩庁移転→※近江国彦根藩主[1606-1615]→上野国安中藩主[1615-1632] |
| 2 | 井伊直好 | 上野国安中藩主[1632-1645]→三河国西尾藩主[1645-1659]→遠江国掛川藩主[1659-1672] |
| 3 | 井伊直武 | 遠江国掛川藩主[1672-1694] |
| 4 | 井伊直朝 | 遠江国掛川藩主[1694-1705] |
| 5 | 井伊直矩 | 近江彦根藩主・井伊直興の四男. 遠江国掛川藩主[1705-1706]→越後国与板藩主[1706-1731] |
| 6 | 井伊直陽 | 越後国与板藩主[1731-1732] |
| 7 | 井伊直員 | 越後国与板藩主[1732-1735] |
| 8 | 井伊直存 | 越後国与板藩主[1735-1760] |
| 9 | 井伊直郡 | 越後国与板藩主[1760] |
| 10 | 井伊直朗 | 越後国与板藩主[1761-1819] |
| 11 | 井伊直暉 | 越後国与板藩主[1820-1826] |
| 12 | 井伊直経 | 越後国与板藩主[1827-1856] |
| 13 | 井伊直充 | 越後国与板藩主[1856-1862] |
| 14 | 井伊直安 | 越後国与板藩主[1862-1871]→廃藩置県 |
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